Dominando o Largo do Carmo, foi fundada, em 1713, pelo Bispo D. Antônio Pereira da Silva nos terrenos, até então, pertencentes à Horta de S. Pedro.
O Padre Frei Manuel da Conceição, arquitecto carmelita, veio de Lisboa e foi o responsável pelo risco da igreja.
Nos meados do século XVIII procedeu-se ao acrescentamento do corpo da igreja, tendo-se destruído a anterior fachada. No seu lugar, a partir de 1747, foi edificado um novo espaço de grande dinamização, sendo responsável por esta obra, pela concepção do «risco» da nova fachada e pela sua execução o mestre pedreiro Diogo Tavares.
O prolongamento das obras provocou alterações no projecto: o último piso foi feito em 1775, a torre nascente nos princípios do século XIX e a outra em 1878. A talha foi a manifestação artística mais utilizada nesta igreja, tendo nela trabalhado os melhores escultores da região, com realce para a oficina de Manuel Martins.
Merecem ainda referência a ornamentação da sacristia, o acervo de imaginária da Procissão do Triunfo e a capela dos ossos.