O Museu Municipal de Faro foi o segundo criado no Algarve. Em 2 de fevereiro de 1894 foi deliberada a criação do então Museu Archeológico e Lapidar Infante D. Henrique, homenageando assim o Navegador, por ocasião do V Centenário do seu nascimento. Em 1896 a exposição do espólio já ocupava três salas do edifício dos Paços do Concelho. A abertura ao público efectuou-se no dia 9 de Outubro de 1897, com a presença do Rei D. Carlos e da Rainha D. Amélia.

Em 1913, já durante a I República, este núcleo passa a funcionar na Igreja do Convento de Santo António dos Capuchos, onde permaneceu até 1971, transitando então para as actuais instalações, no antigo Convento da Nossa Senhora da Assunção. A inauguração do museu no novo espaço ocorreu em 1973. A direção é assumida pelo prof. José António Pinheiro e Rosa, com o cargo de Director do Museu e da Biblioteca Municipal até 1986.
O espólio arqueológico é o mais significativo, integrando objectos da pré-história e das épocas romana e medieval. De entre os objectos mais relevantes apontam-se como exemplos da época romana um mosaico dos séculos II/III, os bustos imperiais de Adriano e Agripina e um acervo de epígrafes de Ossónoba. Uma coleção de grande qualidade, a de pintura dos séculos XVI a XIX, composta principalmente por espécimes religiosos outrora pertencentes a templos algarvios, é igualmente expressiva.
O Museu Municipal de Faro integra a Rede Portuguesa de Museus desde Maio de 2002.
Em Novembro de 2005 foi galardoado com o Prémio APOM de Museologia – Triénio de 2003/05, como melhor Museu Português, atribuído pela Associação Portuguesa de Museologia.

História do edifício

Antigo Convento de Nossa Senhora da Assunção
Começou a ser construído em 1519, no local onde funcionou durante séculos a próspera judiaria de Faro. Depois de alguns anos de interrupção, a rainha D. Catarina, mulher de D. João III, como donatária da cidade de Faro, patrocinou a continuação das obras. O claustro ficou concluído em 1548, tendo então sido integrado na clausura.
As freiras, cujo número podia ir até trinta, provinham de famílias algarvias de boa reputação e elevado estatuto social. Foi um dos quatro conventos femininos outrora existentes na diocese algarvia.
Após a implantação do Liberalismo e a consequente extinção das Ordens Religiosas, as freiras deixaram o convento em 1836.
O convento é vendido a particulares em 1860, que o ocupam com uma fábrica de cortiça. Um século depois é adquirido pela Câmara Municipal de Faro para nele instalar o Museu e Biblioteca Municipais.
O edifício, classificado de Monumento Nacional desde 1948, é um admirável exemplar da arquitectura monástica quinhentista e um dos primeiros exemplares da tipologia de claustros proto-renascentistas portugueses.