O Serviço de Acolhimento e Vigilância do Museu Municipal de Faro é o rosto do museu para que o visita. As actividades desenvolvidas são, entre outras, fazer a recepção dos visitantes, prestar informações sobre o Museu e suas exposições, zelar pela segurança dos objectos expostos e pela manutenção das exposições e manter os locais de exposição acessíveis aos visitantes.

Ao Serviço Administrativo do Museu Municipal de Faro compete prestar apoio administrativo a toda a actividade desenvolvida no museu nas diversas áreas, isto é, a organização e gestão administrativa de processos inerentes à dinâmica dos serviços do Museu; tem ainda a seu cargo a organização do Centro de Documentação e prestar o atendimento aos seus utentes.

O Serviço de Arqueologia do Museu Municipal de Faro tem por missão investigar, salvaguardar, gerir e valorizar o património histórico – arqueológico do concelho de Faro. É um serviço catalisador e de apoio a todas as acções que tenham em vista a defesa do nosso património. Tem como prioridade (entre outras) a gestão de toda a actividade arqueológica levada a cabo no nosso concelho.

O Serviço de Conservação e Restauro do Museu Municipal de Faro é responsável pela realização de todas as acções conservativas necessárias à preservação de todo o espólio museológico e em outros bens móveis e imóveis, sob tutela municipal. Destacam-se as intervenções na Ermida da Esperança, Ermida de Santo António, Cruzeiro da Conceição de Faro e estátua do Bispo D. Francisco Gomes do Avelar.

O Serviço de Inventário do Museu Municipal de Faro realiza a inventariação do espólio que entra no Museu, inserindo-o na base de dados de inventário; gere informaticamente toda a informação disponível de cada objecto. Realiza, também, o inventário fotográfico de todo o espólio para integrar na ficha informática. Procede à classificação e marcação dos objectos e organização dos livros de inventário.
O Serviço de Investigação promove investigação direccionada para o inventário/espólio do Museu Municipal de Faro e propõe trabalhos de divulgação do museu e das suas colecções, do concelho no âmbito do património material e imaterial, tendo como objectivo a realização de exposições e publicação de artigos.

O Serviço de Museografia e Comunicação do Museu Municipal de Faro concebe, desenha e acompanha as exposições produzidas pelo Museu; realiza o design gráfico do material de divulgação alusivo às exposições e eventos do Museu bem como os respectivos catálogos.
Também é a sua responsabilidade promover a manutenção das exposições e a planificação e gestão das acções de manutenção do edifício.

O objectivo principal do Serviço Educativo do Museu Municipal de Faro consiste em contribuir para o cumprimento da sua Missão: “Comunicar, inovar, dinamizar e transmitir a história, o património e as memórias através de acções lúdico-pedagógicas, estabelecendo parcerias com vários agentes e instituições, de modo a que o museu seja um local de fruição e conhecimento para todos contribuindo para o exercício de uma plena cidadania.” Para tal, desenvolve uma programação diversificada para vários tipos de público de forma a criar laços com a comunidade em geral e com a população escolar em particular. Anualmente, desenvolve programas educativos que contemplam uma variedade de actividades que vão ao encontro dos conteúdos programáticos escolares.