O Museu Etnográfico Regional foi inaugurado no dia 15 de dezembro de 1962 na sede da Junta de Província do Algarve (atual Assembleia Distrital de Faro), tendo tido como fundador e responsável pela sua organização o pintor Carlos Porfírio (1895 -1970). Como afirma Glória Marreiros, na sua obra Quem foi Quem? 200 Algarvios do século XX, “É com o labor de anos e anos que cria o Museu Etnográfico de Faro, para o qual expressamente concebeu os mais belos quadros descritivos dos costumes, dos saberes e das crenças do povo algarvio [...] Foi diretor do Museu que criou e ao qual deu alma através da sua arte de pintor, da sua fina perspicácia de etnólogo e de um sentido profundo de estética, que muito contribuíram para o excecional resultado museográfico”.
A maior parte do espólio do museu provém de recolha efetuada por Carlos Porfírio e é composta por utensílios de trabalho (pesca, trabalho agrícola e artesanal, industrias domésticas), por mobiliário e utensilagem doméstica, por algum traje, por numerosos exemplos da chamada “arte popular” (com especial destaque para a cestaria), para além de várias representações (pinturas e fotografias) de aspetos da vida dos algarvios na primeira metade do século XX.
Depois da morte de Carlos Porfírio (1970) o museu só volta a ter diretor, em 1983, a museóloga Luísa Rogado. Em 1992 foi aprovado um projeto de reestruturação profunda do museu, mas atingiu apenas a ala direita do museu e não a ala esquerda onde estava (e continua a estar) o núcleo etnográfico. O projeto de reestruturação do museu foi apresentado à Assembleia Distrital no dia 27 de janeiro de 1992; nesta altura o Museu Etnográfico Regional passou a designar -se por Museu Regional do Algarve.
Em 2002, o museu é objeto de remodelação. A exposição permanente do museu intitula -se Espelho da Identidade Cultural e ocupa 4 salas do edifício. No dia 29 de janeiro de 2009, é celebrado um protocolo entre o Município de Faro e a Assembleia Distrital de Faro para a gestão do Museu Regional do Algarve.
O museu reabriu ao público no dia 18 de maio de 2009, Dia Internacional dos Museus. O acervo museológico do Museu Regional do Algarve foi doado pela Assembleia Distrital de Faro à Câmara Municipal de Faro, de acordo com a deliberação de aceitação, de 6 de fevereiro de 2013. O edifício onde se encontra instalado o museu foi cedido por meio de contrato de comodato celebrado entre a Assembleia Distrital e a CI-AMAL, em 30 de abril de 2013.